運輸及房屋局表示，廣深港高鐵西九龍站乃大型鐵路車站，為支援車站運作，站內樓層與樓層之間設有後勤用地，供高鐵香港段營運商人員使用，一旦發生緊急和消防事故，也可作救援和逃生之用。這些後勤用地均不屬內地口岸區範圍。

就社會對西九龍站樓層分布的關注，運房局表示，站內除B5層外，位於B1售票大堂之上的B1M層、B2入境層之上的B2H層、B3出境層之上的B3M／B3H層，以及位於B4月台層之上的B4M層也設有後勤用地，專供放置站內設施和營運商人員辦公，由港鐵公司作為高鐵香港段營運商管理。

B1M層設有抽風管道、鐵路營運商辦公室、冷氣系統機房設施，部分範圍為開放予公眾人士的食肆；B2H層設有抽風管道和垃圾收集房；B3M／B3H層部分範圍為通往連翔道行人隧道的接駁位置，即B3M層，供公眾人士使用，其餘稱為B3H層的範圍均屬站內後勤用地，設有抽風管道；B4M層設有鐵路營運商辦公室、電掣和冷氣系統機房設施、垃圾收集和設備維修房。

西九龍站一般樓層樓面面積約110,000平方米，B1M、B2H、B3M／B3H層和B4M層的樓面面積分別約5,600平方米、10,300平方米、7,200平方米和約4,200平方米。有關樓面面積已包括在之前公布的430,000平方米建築樓面面積內。

運房局表示，內地口岸區範圍為西九龍站B2和B3層的劃定區域、B4月台層區域及有關連接通道，後勤用地不屬內地口岸區範圍。

該局指，後勤用地並非乘客使用區域，除獲港鐵授權進入後勤用地作業的相關人員，或發生緊急及消防事故，任何人均不准進入後勤用地。

通往後勤用地的出入口，包括連接西九龍站公眾範圍或內地口岸區的相關通道、門及升降機等均有保安設施上鎖。港鐵會嚴格控制並派員巡邏，禁止任何人士在未獲授權下進入後勤用地。有關用地亦設有閉路電視和警報系統等保安設施，並有明顯標示警告，防止未獲授權人士進入。